Nach dem Mitropacupsieg 1930 suchte Rapid nach dam Abgang Karl Rappans in die Schweiz einen Spieler für diePosition des rechten Läufers. Da wurde man auf den 19-jährigen Franz Wagner aufmerksam, der damals bei den Cricketern spielte. Am 10. Mai 1931 absolvierte Wagner sein erstes Meisterschaftsspiel beim 4:3-Sieg über die Austria und diese Position sollte er bei Rapid fast 20 Jahre lang ausfüllen. 237 Meisterschaftsspiele absolvierte er für die Grün-Weißen, errang dabei sechs Mal den Titel. Er erzielte dabei ein einziges Tor, beim 4:1-Sieg über Wacker am 25. 9. 1932. 1938 wurde er mit Rapid Deutscher Pokalsieger, 1941 Deutscher Meister.

Zwischen 1933 und 1936 spielte er auch 18 Mal im Österreichischen Nationalteam und war Stammspieler in jenem Team, das 1934 den 4. Platz bei der WM in Italien belegte. Bei der WM 1938 stand er im Kader deutschen Auswahl, kam aber nicht zum Einsatz. Nach seiner aktiven Laufbahn blieb er Rapid als Nachwuchstrainer treu und übernahm in der Saison1955/56 auch für einige Monate die Betreuung der Kampfmannschaft, führte das Team dabei zum Meistertitel. Endeder 50er-Jahre wurde er dann Jugendtrainer beim WAC. Er starb 1974 63-jährig in Wien.